企业财务支出管理的好坏，直接影响企业的经营效益。作为企业财务支出效益审计，一是要对企业资金管理审计，把资金运行的各个环节搞清摸透，消除资金安全隐患。二是要对企业财务支出管理制度和管理机构进行审计，这是与效益审计追求全面性、系统性和整体性的特点相关联的。效益审计不是局限于对违规问题的揭露，而应从制度和管理的系统性和整体性入手，评价整个系统绩效的好坏，用正确的管理原则、管理办法和管理政策与实际情况相对比，沿着决策、执行和监督的路径查找管理上的漏洞，分析原因，提出建议，以防范决策失误、执行不力和监督失效等问题。
对企业财务支出管理制度审计。制度是指导人们行为的规范和准绳。新《会计法》二十七条规定，“各单位应当建立、健全本单位的内部会计监督制度”。结合我国企业财务管理制度要求，应将企业财务支出管理制度审计作为内部审计的重点，通过财务支出管理审计，规范企业财务收支行为，堵住腐败之门。同时，对企业物资采购支出管理制度及配套措施也应该进行审计。目前，多数企业缺乏独立规范的采购监督部门，采购监督者与采购者责任模糊，不能各司其职，各负其责。采购管理的内部审计监督机制没有形成，许多单位没有制定采购管理内部审计监督规程，在采购过程中，对供应商的监督仅限于合同的签订，而具体执行过程全凭供应商的自觉。在采购活动中不能执行严格的检查，对违法合同的行为也不能实施有效的处理处罚。由于对供应商的监督流于形式，导致一些采购项目出现了质次价高或服务质量不高的现象。有些企业规章制度贯彻落实不到位，预算观念不强，计划性差，在实地采购中随意性大，先采购后立项以及无预算或超预算采购的现象比较多。通过对物资采购活动的全过程审计，防范“暗箱”操作，促进采购行为公开、公平、公正。当前正在探索的“管理＋效益”审计制度，将对企业提出相对明确的绩效要求与考核标准，这将为审计机关开展绩效审计创造良好的条件。通过“管理＋效益”审计可以对企业绩效水平做出客观的评价，为企业的后续发展提供决策基础，也便于企业领导及时调整经营策略，获得更大的效益。
对企业财务支出管理机构的审计。好的制度并不意味着有好的结果，制度的实施不仅受环境的制约，而且与执行制度者（人或机构）的能力和责任有很大关系。因此，必须将企业财务支出管理机构的审计纳入企业财务支出效益内部审计的范畴。一是将管理责任和工作效率纳入“管理＋效益”审计范畴，监督企业各项管理制度的贯彻和落实，促进管理、调控经营运行按正确的轨道进行。二是将行政管理成本审计纳入“管理＋效益”审查范畴，监督部门节约开支，降低行政成本。行政支出是企业财务支出的重要组成部分,在内部审计工作中，可选择基建投资、大型维修、修缮等项目资金投入较多的部门，延伸审计资金的使用效益。主要检查各部门行政管理的效率，分析人员经费和事业经费的比例,是否少花钱,多办事，促进其降低行政成本，提高企业资金的使用绩效。三是要加强对经营部门“资金筹集分配权”、“财务开支管理权”、“财产处置权”等权力的制约和监督，纠正违规行为，制止损失浪费，提高管理水平，促进企业节支增效。
